Do pred Drugi svetski rat se, uz manastire Ravanicu i Jazak, smatrao najvećom nacionalnom svetinjom među Fruškogorskim manastirima. Polovinom 1944. godine je od strane Nemaca miniran i u potpunosti srušen. Danas je zvonik ponovo podignut, dok su zidovi crkve obnovljeni, stavljeni su krov i kube, a obnovljeni su i konaci.
Istorijat
Za razliku od drugih Fruškogorskih manastira, za ovaj se sasvim sigurno zna kako je i kada nastao. Izvesno je da je osnovan 1520. godine, a da su osnivači monasi iz manastira Žiče. Tih godina morali su, kao i mnogi drugi monasi, da se sklanjaju ispred Turaka u Srem. Pod vođstvom igumana Teofila, monaha Ilariona i Visariona, dolaze u Srem i tu zatiču jednu crkvicu posvećenu svetom Nikoli, koju oni nazivaju Remetsko. Sam manastir je imao dosta različitih naziva. Zbog rečice Remete zvali su ga Remetica, Remeta, Remetsko… Kasnije, kada su 1545. u njega prenete mošti Stefana Štiljanovića, Turci ga nazivaju manastirom svetog Stevana Iškilanovića. Monasi iz Žiče upravo na tom mestu zidaju crkvu posvećenu Rođenju Bogorodice i nazivaju je Šišatovac.
O toj prvobitnoj crkvi postoji jedan izuzetan dokument. U četvorojevanđelju starca Evgenija iz 1560. godine, u vreme igumana Teofila, sačuvana je iza poslednjeg lista knjige, slika stare crkve Rođenja Presvete Bogorodice iz 1520. godine. Tu crkvu bez zvonika podigli su iguman Teofilo i izbegli Žički monasi. Nekom igrom sudbine tu sliku su naručili monasi iz Šišatovca ne bi li sačuvali uspomenu na staru crkvu, koja se trebala rušiti. Ova slika je rađena dosta kasno, 1778. godine, od strane lajtnanta (poručnika) Pavla Dimitrijevića, a u vreme kada se već zidala nova, današnja crkva.
Kult svetog Stefana Štiljanovića
Već od 1545. u manastiru je postojao kult svetog Stefana Štiljanovića. Ako se uzme u obzir da je ovaj srpski despot umro tokom 1543, a možda čak i kasnije, može se konstatovati da je veoma brzo posle smrti proglašen za svetitelja. Koliko se zna, Štiljanović je sahranjen kod varošice Šikluš, ali ubrzo nakon sahrane došlo je do njegovog objavljenja, a interesantno je to da su prvi koji su to otkrili bili baš Turci.
Neko od njih je video da iz zemlje izbija neobična svetlost, a kada su počeli kopati, misleći da će naići na blago, otkrili su telo Stefana Štiljanovića, potpuno odevenog, blagougodnog mirisa. To se veoma brzo pročulo, tako da su uskoro pristigli monasi iz Šišatovca i od Turaka izmolili mošti. Manastir je zbog ovog kulta imao dosta posetilaca, pa i materijalnih priloga. Tokom 1643. u manastiru boravi i patrijarh Pajsije, koji se poklonio pred moštima sveca i napisao mu Povesno slovo. U manastir je dolazio i patrijarh Maksim 1666. godine. Telo vojvode Stevana Štiljanovića sada je u muzeju SPC u Beogradu.
Arhitektura
Probitna crkva nije sačuvana i brzo je srušena, tako da se već u vizitaciji iz 1753. navodi samo nova crkva sagrađena 1634. Tako opis navodi da je nova crkva sagrađena od 
kamena, da ima dva kubeta i da je pokrivena sa novom hrastovom šindrom. Nedugo potom, sagrađen je 1742. novi četvorospratni zvonik kvadratnog preseka prilogom Vuka Isakovića. U doba vizitacije unutrašnjost crkve je bila u prilično lošem stanju, jer su neke freske pootpadale. Navodi se da u crkvi postoji ikonostas, ali se danas o njemu skoro ništa ne zna. Tokom 1749. podignuta je i grobljanska kapela oblika jednobrodne crkvice.
Crkva koju mi danas poznajemo podignuta je u vremenu od 1758. do 1778. Svojom veličinom odstupa od ostalih fruškogorskih manastirskih crkava, koje su dosta manje. U njenoj arhitekturi potpuno preovlađuje barok, a devet prozora je izrađeno u gotskom stilu. Oblik hrama je trikonhos, sa velikim i snažnim trostranim pevničkim apsidama. Nad crkvom se uzdiže osmostrano kube.
Ne zna se tačan datum nastanka manastirskih konaka, ali se oni već 1753. navode kao postojeći. Okružuju manastir sa tri strane, a sa četvrte, severne, je sama crkva. Ovaj konak je izgoreo 1849. godine, a nešto kasnije je podignut novi.
U crkvi
Crkva je oslikana tokom 1793. od strane Grigorija Davidovića – Obšića iz Čalme. Godinu dana kasnije on je oslikao i ikonostas. Grigorije Davidović – Obšić bio je učenik Dimitrija Bačevića i Teodora Kračuna, ali u odnosu na njih je mnogo slabiji. Crtež mu je nešto nesigurniji, proporcije često nedosledne. Međutim, uspeva sve to da nadoknadi dobrim koloritom svojih slika. Za njega je karakteristično da svojim likovima
daje izrazito visoka čela i da veoma pažljivo obrađuje detalje na slikama.
Danas se o Šišatovačkom ikonostasu zna tek onoliko, koliko to dopuštaju slučajno sačuvane fotografije i svedočenja savremenika. Karakteristično je za njega, da je spadao u retke zidane oltarske pregade. Sastojao se iz tri horizontalne zone (prestone ikone, praznici i medaljoni). Skoro sve ikone su bile oslikane na gipsanoj podlozi. Nažalost sačuvane su samo carske dveri sa predstavom Blagovesti.
Takođe je sačuvana i jedna prestona ikona, rad Stanoja Popovića iz sredine XVIII veka, i koja se danas čuva u muzeju Srema. Na njoj se prikazuje sedeća figura Spasitelja.
Inače, manastir je baš tokom XVIII i XIX veka imao svoj procvat. Posećivali su ga crkveni zvaničnici i brojni intelektualci, kao što je Vuk Karadžić, braća Isakoviči (Vuk i Trifun), braća Monasterlija (Jovan i Josif), arhimandrit Vikentije Popović, pesnik i arhimandrit Lukijan Mušicki, slepi Filip Višnjić… Možda je najpoznatiji period od 1812. do 1827. godine, kada je u njemu boravio arhimandrit Lukijan Mušicki, koji je uspeo da od manastira napravi stecište najznačajnije srpske inteligencije toga doba.
